Inicjatorami powołania Związku Sybiraków w Zakopanem byli Józef Kulon, Stanisław Weseli, Bronisław Kłosowski, Grażyna Nowakowska, Stefan Przybylik i Maria Bednarz. Pierwsze spotkanie mieszkających w Zakopanem Sybiraków odbyło się 11 kwietnia 1989 roku. Zorganizowała je szesnastoosobowa grupa założycielska, która wyłoniła spośród siebie Tymczasowy Zarząd organizującego się Związku. Na prezesa zarządu został wybrany Józef Kulon. Po podaniu do publicznej wiadomości informacji o powstaniu w Zakopanem Związku Sybiraków z całego Podhala, Orawy, Spiszą, Rabki, Jordanowa, Żywca, Szczawnicy i innych miejscowości zaczęły napływać zgłoszenia osób zainteresowanych. Zakopane administracyjnie należało do województwa nowosądeckiego, ale zakopiańczycy zaczęli ubiegać się o status jednostki samodzielnej. Zarząd Główny przychylił się do wniosku i Koło w Zakopanem działało na prawach Oddziału. Uchwała z 23 września 1995 roku potwierdziła ten status.
 I Walne Zgromadzenie odbyło się 14 października, w czasie którego wybrano zarząd i komisje - rewizyjną, pomocy koleżeńskiej i lekarskiej oraz sąd koleżeński. Na prezesa zarządu ponownie wybrano Józefa Kulona. Liczba członków wynosiła 40 osób. Związek objął działalnością Sybiraków zamieszkałych w Nowym Targu, Krynicy, Żywcu, na Spiszu i Orawie. Działalność koncentrowała się głównie na organizacji pomocy i opiece nad osobami samotnymi, chorymi i będącymi w trudnych warunkach materialnych.
II Walne Zgromadzenie 15 grudnia 1990 roku i III Walne Zgromadzenie, które odbyło się 23 grudnia 1993 roku na prezesa zarządu wybrało ponownie Józefa Kulona. Liczba członków w tym okresie wynosiła 118 osób.
IV Walne Zgromadzenie 5 października 1996 roku, po wysłuchaniu referatu sprawozdawczego prezesa przeprowadziło wybory do zarządu i komisji. Na prezesa  zarządu został wybrany Józef Kulon, który zrezygnował z funkcji i od 2 stycznia 1997 roku prezesem jest Bronisław Kłosowski. Liczba członków obecnie wynosi 120 osób.
W ramach obchodów Roku Sybiraka, 23 września 1993 roku w zabytkowym starym kościółku w czasie uroczystej mszy świętej został poświecony sztandar zakopiańskich Sybiraków. Na leżącym obok kościoła cmentarzu poświecono Pomnik Sybiraków i Ofiar Katynia.
Z inicjatywy prezesa Józefa Kulona ufundowano pamiątkową tablicę poświęconą pamięci mieszkańców Podhala, którzy wywiezieni z tej ziemi na Syberię zakończyli życie w łagrach i więzieniach NKWD.
Tablica znajduje się na murach kościoła Świętej Rodziny przy Krupówkach. Uroczystości poświęcenia odbyły się 5 października 1996 roku przy udziale władz miasta i przedstawiciela Zarządu Głównego.
W lutym 1995 roku w salach wystawowych BWA w Zakopanem otwarto wystawę pod nazwą „Sybiracy, historia i współczesność". Eksponowana uprzednio w Krakowie, tu poszerzona i wzbogacona o nowe przedmioty pochodzące ze zbiorów zakopiańczyków przyciągnęła wielu zwiedzających, w tym młodzież szkolną.
W dniach od 4 do 7 czerwca 1991 roku Podhale i Zakopane gościło Ojca Świętego Jana Pawła II. W głównej uroczystości tej części pielgrzymki - mszy świętej odprawione przy ołtarzu polowym Pod Krokwią Sybiraków reprezentował poczet sztandarowy oraz liczni członkowie przybyli z całego regionu. Rodzina Kulonów ofiarowała Janowi Pawłowi II krzyż rzeźbiony w drewnie dzieło Józefa Kulona. Drugi krzyż z wyrzeźbionym imionami członków rodziny, którzy zmarli na Syberi oraz płaskorzeźbę „Drogi Krzyżowej Sybiracka" ofiarowali Zofia i Stanisław Kulonowie.
Zarząd Główny, na wniosek Zarządu Oddziału, zasłużonym Sybirakom przyznał 80 Odznak Honorowych Sybiraka, w tym 10 odznaczeń dla osób wspierających Oddział. Odznaczenia państwowe - Srebrne Brązowe Krzyże Zasługi otrzymało 5 osób.

Skocz do góry